A partir de la Edad Media las persecuciones aumentan hasta los siglos XVI y XVII. Solo en el siglo XVII la Inglaterra anglicana acabó con más de 50.000 personas en la hoguera y unas 100.000 en Alemania. En España y sus colonias no se llegaron a quemar brujas a partir del XVII, el motivo fue básicamente gracias al Santo Oficio que flexibilizó las penas al contrario que los protestantes, que las endurecieron con la autoridad de Lutero, Melanchton, Bullinger oCalvino.
Proceso de Zugarramurdi
En el siglo XV el miedo a las brujas que surge en el sur de Francia repercute en el área pirenaica y regiones de Navarra, la Rioja y País Vasco siendo el proceso de Zurragamurdi el más conocido. Una bruja arrepentida se presentó ante la Inquisición de Logroño y denunció a sus cómplices. Se inculparon a más de 300 personas, leyendo las sentencias en el auto de fe efectuado el 7 y el 8 de noviembre de 1610, en que salieron un total de 53 sentenciados: 21 con insignias de penitentes, descubiertas las cabezas y con una vela en la mano, 21 con sambenitos con aspas de reconciliados y una vela; cinco estatuas de difuntos; y seis con sambenitos y corozas de relajados. De estos últimos al menos una, la bruja Endregoto, fue quemada en la hoguera por el asesinato de un anciano por envenenamiento, crimen que despertó la indignación del Tribunal.
La Inquisición mandó revisar las actuaciones del tribunal de Logroño, autorizando al inquisidor Alonso Salazar y Frías, que no conforme con la actuación de los otros inquisidores, había trasmitido sus objeciones a la máxima autoridad. Gracias a la paciencia de Salazar en los interrogatorios, con las confesiones más disparatadas por el miedo, concluye que no había ningún dato que pueda considerarse como brujería, atribuyendo todo el disparate a la incultura, al miedo y a la persistencia de antiguos ritos inofensivos. Debido a estos informes se optó por una política más benigna, incluyendo el envío de predicadores para evangelizar y enseñar a la población ignorante. Por ello, gracias a Alonso de Salazar, España en el XVI siguió una política diferente a Europa y Norteamérica (recordemos en 1692, en Salem –Massachussets- la persecución contra las brujas y sus juicios sumarios).
Se recomiendan dos obras para este tema: el más famoso de todas los libros sobre brujería, Malleus Maleficarum escrito en 1486 por dos monjes dominicos, Heinrich Kramer y Jacobus Sprenger, que se convirtió en el manual indispensable para la Inquisición, en el que se detallaba todo lo relacionado con la formación de la bruja y su identificación y castigos y Las Brujas y su mundo de Julio Caro Baroja, el mejor estudio antropológico de las brujas en España. Un ejemplo del terror y los disparates que los inquisidores hicieron confesar a las acusadas de brujería en el libro Malleus Malleficarum: "Pues dice que este Inquisidor le dijo que en el ducado de Lausanne ciertas brujas habían cocido y comido a sus propios hijos, y que el siguiente era el método en que se iniciaban en tales prácticas. Las brujas se reunían, y por sus artes convocaban a un demonio en forma de hombre, a quien la novicia era obligada a jurar que renegaba de la religión cristiana, que jamás adoraría la Eucaristía, y a pisar la Cruz siempre que pudiese. hacerlo en secreto".
Anna Armengol en su estudio clásico (Tiempos Modernos 2002: Vol. 3, No. 6) explica que en los últimos años en el área peninsular se han producido dos tipos de estudios, unos de carácter general, basados fundamentalmente en fuentes inquisitoriales, y otros de carácter regional que apuntan nuevas perspectivas de investigación. En el área peninsular no tuvo lugar una “caza de brujas” al estilo europeo y que, contrariamente, existió una especie de “racionalismo hispánico” al respecto.
La Inquisición en España fue más benigna que los juicios en Europa, pensando que la relación con la incultura era básica. Sin embargo, fuentes regionales no dejan esta postura tan clara puesto que parece que sí que en determinadas regiones como Mallorca, áreas de Cataluña y País Vasco, pudieron existir focos de “Brujamanía” a la manera europea, con pánico en la población, que llevaría a tribunales seglares, populares, diferenciación entre áreas rurales y urbanas etc. a participación activa en los juicios y condenas.
