En el siglo IV había una comunidad judía muy numerosa en la península: existía bastante convivencia entre cristianos y judíos en estos momentos, y un cierto nivel de tolerancia. Se cree incluso que pudo haber matrimonios mixtos, por lo que el concepto de religión era más abierto. Sin embargo, hacia la Plena y Baja Edad Media, entre los siglos XI y XV, el conflicto entre cristianos y judíos  aumentó significativamente.

Los primeros conflictos con la mayoría cristiana se dan a partir del siglo VI, cuando termina el arrianismo en el reino visigodo y se empiezan a desarrollar las primeras campañas agresivas de conversión. Un ejemplo de esta disminución de la tolerancia, es que en el Concilio de Elvira se establece que los cristianos y judíos no podían mezclarse.

En el tiempo que seguirá hasta la expulsión de 1492, la población judía peninsular atravesó por numerosos momentos de mayor o menor tolerancia, afectadas o causadas en primer lugar por el dominio almohade, por las matanzas generalizadas de 1391 y, por último, por la expulsión de 1492.

Así, en Al-Ándalus, al esplendor cultural judío de la época califal en el siglo XI, le seguirá una ola de migración y huida determinada por la llegada de los almorávides y de los almohades. Posteriormente, en el año 1480, se ordena que los judíos habitantes de la Península Ibérica fueran separados de las ciudades y provincias, y que les fueran adjudicados sectores separados, para evitar la "judaización y la apostasía contra la Iglesia Católica".

En 1492 se firma el Edicto de Granada, en el cual los Reyes Católicos establecieron: "Los judíos y judías de cualquier edad que residan en nuestros dominios o territorios, que partan con sus hijos e hijas, sirvientes y familiares pequeños o grandes de todas las edades al fin de julio de este año y que no se atrevan a regresar a nuestras tierras." Los judíos que incumplieran este edicto serían culpados a muerte y se confiscarían sus bienes. Además, se daba permiso a los judíos para llevarse consigo todas sus pertenencias, exceptuando oro y plata. La cifra total de exiliados entre las dos coronas varía bastante debido a la falta de fuentes, pero es considerada una de las mayores expulsiones de judíos de la Historia.

El primer destino de los judíos expulsados, fundamentalmente los castellanos, será por motivos de cercanía y conveniencia, Portugal. La ciudad de Lisboa, en torno a 1492, acoge a muchos comerciantes tanto alemanes como judíos, ya que es un puerto comercial y porque Portugal posee las rutas hacia África. Estos comerciantes alemanes y judíos se juntaban en la Plaza de Santo Domingo, que se convierte en la zona principal de mercadeo y comercio.

Sin embargo, en 1494, la hija de los Reyes Católicos, Isabel, se casa con el rey de Portugal, y le pide que expulse a los judíos, por lo que aquellos que no se convirtieran al cristianismo, comenzaron a marcharse de Portugal en 1494. Las naves parten de Portugal hacia otros lugares del Mediterráneo, entre ellos, Nápoles.

Los judíos conversos no tuvieron que irse salvo en caso de que judaizaran, es decir, que mantuvieran tradiciones y liturgias judías a pesar de su conversión. Sin embargo, en 1506, los conversos que se quedan en Lisboa sufrieron la mayor matanza de judíos en la Península Ibérica. Aunque apenas diez años antes todos los judíos residentes en el reino habían sido obligados a convertirse al cristianismo, se calcula que fueron asesinados en torno a 2.000 judíos conversos en la ciudad de Lisboa.

Fuentes:

- Edicto de Granada de 1492 en el Archivo de Simancas. 

- Manual de Baja Edad Media de la UNED