El Bolton Wanderers Football Club, conocido como Bolton Wanderers, se fundó en 1874 en Bolton, Lancashire, Inglaterra. Inicialmente se llamó Christ Church FC, pero cambió su nombre a Bolton Wanderers en 1877, reflejando la naturaleza ambulante del club en sus primeros años. El club fue uno de los miembros fundadores de la Football League en 1888.
En sus primeros años, Bolton fue uno de los equipos pioneros en la Football League. Jugando en la primera división, el club desarrolló una sólida reputación en el fútbol inglés, destacando en la FA Cup. En 1923, ganó su primer título importante al levantar la FA Cup, superando al West Ham United en la final que se jugó en Wembley, conocida como "The White Horse Final".
Durante las siguientes décadas, el Bolton Wanderers continuó destacando en la FA Cup, ganando el trofeo en tres ocasiones más: en 1926, 1929 y 1958. Este último triunfo fue especialmente memorable, ya que el club derrotó al Manchester United en la final solo meses después del desastre aéreo de Múnich. Esta etapa consolidó la reputación de Bolton como uno de los clubes más destacados de Inglaterra.
A pesar del éxito en la FA Cup, Bolton Wanderers comenzó a experimentar dificultades en la liga. El club descendió a la Segunda División en 1964, y en 1971 sufrió un nuevo descenso a la Tercera División. Durante las décadas de 1970 y 1980, el club alternó entre la Segunda y la Tercera División, luchando por recuperar su lugar en la máxima categoría.
La década de 1990 trajo un renacimiento para Bolton Wanderers. El club ganó la promoción a la Premier League, la máxima categoría del fútbol inglés, en 1995, y aunque descendió rápidamente, volvió a ascender en 1997. Bolton también alcanzó la final de la Copa de la Liga en 1995 y 2004, aunque fue derrotado en ambas ocasiones.
A principios del siglo XXI, Bolton Wanderers experimentó un periodo de estabilidad en la Premier League, bajo la dirección de Sam Allardyce. Durante esta etapa, el club logró varias clasificaciones para competiciones europeas, incluyendo la Copa de la UEFA. Sin embargo, tras la marcha de Allardyce en 2007, el club comenzó a experimentar un declive gradual.
El club descendió de la Premier League en 2012 y sufrió problemas financieros significativos que lo llevaron al borde de la administración en varias ocasiones. Estos desafíos llevaron al club a descender a la League One, el tercer nivel del fútbol inglés, en 2016, aunque volvió al Championship al año siguiente. Desde entonces, el club ha seguido fluctuando entre la League One y el Championship, buscando estabilizar su situación financiera y deportiva.